作用：定量 Lotus japonicus 结瘤突变体以及公共大豆、Medicago truncatula 数据集中的 LjSYN1/LjSYN2 同源基因。
入口：index/index_GifuT2T.sh；各数据集目录下的 align.sh
输入：每个数据集目录的 samples.conf（sample、fq1、可选 fq2，# 开头行跳过）及其指向的 FASTQ；align.sh 头部变量指定的索引与注释 GTF。
输出：每样本 <sample>.bam(.bai)、align/<sample>/<sample>.gtf|.tsv、<sample>_hisat.log；prepDE.list、count/prepDE_counts.csv、count/prepDE_transcript.csv；index/index_GifuT2T.sh 就地写 GifuT2T.*.ht2。
运行：bash index/index_GifuT2T.sh；在每个数据集目录内 bash align.sh（输出写当前目录，且须先把脚本内 {HOME_ZC}、{CONDA_PY3} 的硬编码绝对路径改成自己的）。
工具：HISAT2（hisat2-build -p 32；比对 -p 32）、samtools（view、sort、index）、StringTie（-p -G -e -B -A）、prepDE.py（Python 3）；集群投递头 #CSUB -q c01 -n 32。
English
**Purpose**: Quantify the LjSYN1/LjSYN2 homologues in *Lotus japonicus* nodulation mutants and in public soybean and *Medicago truncatula* datasets.
**Entry point**: `index/index_GifuT2T.sh`; the `align.sh` in each dataset directory
**Inputs**: each dataset directory's `samples.conf` (`sample`, `fq1`, optional `fq2`; `#`-prefixed lines are skipped) and the FASTQ files it points to; the index and annotation GTF set in the header variables of `align.sh`.
**Outputs**: per sample `.bam(.bai)`, `align//.gtf|.tsv`, `_hisat.log`; `prepDE.list`, `count/prepDE_counts.csv`, `count/prepDE_transcript.csv`; `index/index_GifuT2T.sh` writes the `GifuT2T.*.ht2` index next to itself.
**Run**: `bash index/index_GifuT2T.sh`; `bash align.sh` inside each dataset directory (output goes to the current directory, and the hardcoded ``{HOME_ZC}`` / ``{CONDA_PY3}`` absolute paths in the script must be replaced first).
**Tools**: HISAT2 (`hisat2-build -p 32`; alignment `-p 32`), samtools (`view`, `sort`, `index`), StringTie (`-p -G -e -B -A`), `prepDE.py` (Python 3); cluster job header `#CSUB -q c01 -n 32`.