组装质量评估
作用：用回贴深度、BUSCO 与 Merqury 三块独立评估最终组装的完整度与碱基准确性。
入口：01_mapping/{01_ont,02_hifi,03_wgs,04_pan_wgs}/、02_busco/、03_merqury/{01_hifi,02_wgs,03_pan_wgs}/ 下的脚本
输入：组装 ``{PROJ_LOTUS_ZC}/Gifu/00.assemble_result/Gifu_v1.0.fasta；reads ONT Gifu-jing-ye.pass.ul.fa、HiFi Gifu_hifi.fastq.gz、WGS Gifu_1-R{1,2}.fastq.gz；窗口 Gifu_{100k,10k}.bed；HiFi k-mer 库 ccs.merylDB；BUSCO lineage embryophyta_odb10。
输出：gifu_{ont,hifi,wgs}_{100k,10k}_coverage.txt；BUSCO Gifu_lotus/；Merqury Gifu_hifimer、Gifu_wgsmer、Gifu_<sample>_wgsmer；pan-WGS {Gifu,MG20}_Clean_R{1,2}.fq 与 MG20_subsample_{summary,scientific_name}.txt。
运行：进入相应子目录后 bash <script>
工具：minimap2 -ax map-ont/-ax map-pb、bwa mem；samtools view -b -q 30、sort、flagstat；bedtools coverage -mean（100 kb 与 10 kb 窗口）；BBMap filterbyname.sh；BLAST+ blastn -outfmt 5；BUSCO -m genome --offline --cpu 64；Merqury 与 meryl count k=21。
注意：ont.sh、ccs.sh、bwa.sh 与 04_pan_wgs/samtools.sh 的比对命令均被注释，脚本只对现成的 ont_q30.bam、ccs_q30.bam、wgs_q30.bam 与 *_unmapped.literal.ids 重跑下游覆盖度与 reads 过滤，须先自备这些文件。