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生物信息学基础教程
课程目录
第 1 节:Linux 与参考基因组
第 2 节:Python 与 R 数据可视化
第 3 节:RNA-seq 与序列比对
研究项目
项目概览
Lotus T2T 基因组
项目介绍
Lotus T2T 基因组
可运行示例
可运行示例
示例:端粒识别
示例:着丝粒串联重复
分析流程总览
分析流程总览
01 组装
01 组装
hifiasm 组装
去冗余单倍型
去除细胞器序列
端粒检查
contig 排序
补洞
打磨校正
组装质量评估
Hi-C 挂载
Hi-C 挂载
HapHiC 分型挂载
02 注释
02 注释
重复序列屏蔽(EDTA)
RNA-seq 比对
IsoSeq 全长转录本
基因预测(BRAKER)
基因模型整合(GETA)
基因模型过滤
基因分类
功能注释
注释导出
基因对应关系
03 端粒
04 rDNA
04 rDNA
rDNA 位点与阵列
rDNA 拷贝数
05 着丝粒
05 着丝粒
超级簇合并
重复单元
一致性序列
StainedGlass 分析
06 比较基因组
06 比较基因组
已发表组装
已发表组装
gap 区域分析
品种间比对
易位核查
T2T 与前版本比较
注释比较
07 转录组
07 转录组
数据准备
组织表达图谱
突变体与公共数据
WGCNA 共表达模块
Mfuzz 时序聚类
共表达网络
模块一致性
08 单核转录组
08 单核转录组
单核分析脚本
笔记与复现
全部笔记
【文章复现】 2023-Nature plants-大豆根瘤单细胞与空转
BS-seq数据分析
RNA-seq数据分析
RepeatMasker的安装和使用
siRNA数据分析步骤
下载公共测序数据
如何获取基因组文件
代码与资源
分析代码
学习资源
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04 rDNA
本阶段包含以下步骤,内容取自各步骤目录的 README。
步骤
内容
rDNA 位点与阵列
—
rDNA 拷贝数
—