作用：用 EDTA 从头注释并屏蔽 Gifu 基因组的转座元件，再用 LTR_retriever 计算 LAI。
入口：process.sh（屏蔽）；LAI.sh（LAI 打分）。
输入：Gifu_v1.0.fasta；LAI.sh 另需 <genome>.mod.harvest.combine.scn 与 <genome>.mod.finder.combine.scn。
输出：Gifu_v1.0.fasta.mod.*，其中 Gifu_v1.0.fasta.mod.MAKER.masked 供 04_braker/Gifu_braker.sh 使用；LAI 结果与作业日志 LAI.out。
运行：在存放基因组与 EDTA 输出的目录中执行 EDTA.pl --genome Gifu_v1.0.fasta --overwrite 1 --sensitive 1 --anno 1 --threads 264 --force 1，随后 bash LAI.sh（须先把脚本中的大豆基因组名 ChiHei_v1.0.fasta 及其 -inharvest/-infinder 文件名换成 Gifu 的对应文件）。
工具：EDTA EDTA.pl --sensitive 1 --anno 1 --threads 264 --force 1；LTR_retriever -genome <genome> -inharvest <scn> -infinder <scn> -threads 88。
English
**Purpose**: De novo TE annotation and masking of the Gifu assembly with EDTA, then LAI scoring of the EDTA output with LTR_retriever.
**Entry point**: `process.sh` (masking); `LAI.sh` (LAI scoring).
**Inputs**: `Gifu_v1.0.fasta`; `LAI.sh` additionally needs `.mod.harvest.combine.scn` and `.mod.finder.combine.scn`.
**Outputs**: `Gifu_v1.0.fasta.mod.*`, including `Gifu_v1.0.fasta.mod.MAKER.masked`, consumed by `04_braker/Gifu_braker.sh`; the LAI result with job stdout in `LAI.out`.
**Run**: from the directory holding the genome and the EDTA output, `EDTA.pl --genome Gifu_v1.0.fasta --overwrite 1 --sensitive 1 --anno 1 --threads 264 --force 1`, then `bash LAI.sh` (first replace the soybean genome name `ChiHei_v1.0.fasta` and its `-inharvest`/`-infinder` files with the Gifu ones).
**Tools**: EDTA `EDTA.pl --sensitive 1 --anno 1 --threads 264 --force 1`; LTR_retriever `-genome -inharvest -infinder -threads 88`.