分析背后的代码

从一段脚本到一条分析路径。结合文章里的数据与参数，理解代码如何工作。

PYTHON · SINGLE CELL

单细胞数据处理

质控、数据整合、降维与聚类。配合大豆根瘤复现笔记，查看各步骤的实现。

阅读分析过程 →查看代码 ↗

SHELL · GENOMICS

基因组组装与打磨

围绕长读长组装、序列打磨与质量评估，查看命令和分析步骤。

阅读组装流程 →查看脚本 ↗

PYTHON · UTILITIES

测序数据小工具

从 Cell Ranger BAM 文件解析 UMI 方向，为后续数据处理提供辅助信息。

查看工具 ↗

PROJECT REPOSITORIES

完整项目

PLANT GENOMICS

Lotus T2T 基因组

围绕百脉根 Gifu 与 MG20，连接端粒到端粒组装、基因注释、基因组结构比较与表达分析。

基因组组装注释比较基因组转录组

探索项目 →GitHub ↗

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文件	链接
`code/assemble/polish/bash.sh`	查看
`code/single_cell/02_QC/__init__.py`	查看
`code/single_cell/02_QC/_processData/top10_upregulated_genes.csv`	查看
`code/single_cell/02_QC/annaDataQC.py`	查看
`code/single_cell/02_QC/bash.sh`	查看
`code/single_cell/02_QC/dimenRedu.py`	查看
`code/single_cell/02_QC/integrate.py`	查看
`code/single_cell/02_QC/scripts/__init__.py`	查看
`code/single_cell/02_QC/scripts/basic.py`	查看
`code/single_cell/02_QC/scripts/rTools.py`	查看
`code/single_cell/02_QC/scripts/scDblFinder.py`	查看
`code/single_cell/cellRanger/config.yaml`	查看
`code/single_cell/cellRanger/test.csv`	查看
`code/single_cell/cellRanger/velocyto.yaml`	查看
`code/tools/parseUmiDirectionFromCellrangerBam.py`	查看

补充你的工具箱

Linux 命令行、R 编程，以及分析笔记里的配套图件。

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