作用：用 hifiasm 以 ONT ultra-long 与 PacBio HiFi reads 组装 Gifu，并把 primary contig GFA 转成 FASTA 并建索引。
入口：01.hifiasm.sh
输入：ONT UL reads {PROJ_LOTUS_ZC}`/data/Gifu/ont/Gifu-jing-ye.pass.ul.fq.gz`；HiFi reads {PROJ_LOTUS_ZC}/data/Gifu/hifi/Gifu_hifi.fastq.gz。
输出：Gifu.sam.bp.p_ctg.gfa、Gifu.hifiasm.fasta、Gifu.hifiasm.fasta.fai。
运行：bash 01.hifiasm.sh
工具：hifiasm -t 88 -o Gifu.sam --telo-m CCCTAAA --ul（UL reads 在前、HiFi FASTQ 在后）；gfatools gfa2fa；samtools faidx。
注意：01.hifiasm.sh 中 hifiasm 命令处于注释状态，生效的只有 gfatools gfa2fa 与 samtools faidx，运行前须已存在 GFA。
English
**Purpose**: Assemble the Gifu accession from ONT ultra-long and PacBio HiFi reads with hifiasm, then convert the primary contig GFA to FASTA and index it.
**Entry point**: `01.hifiasm.sh`
**Inputs**: ONT UL reads ``{PROJ_LOTUS_ZC}`/data/Gifu/ont/Gifu-jing-ye.pass.ul.fq.gz`; HiFi reads ``{PROJ_LOTUS_ZC}`/data/Gifu/hifi/Gifu_hifi.fastq.gz`.
**Outputs**: `Gifu.sam.bp.p_ctg.gfa`, `Gifu.hifiasm.fasta`, `Gifu.hifiasm.fasta.fai`.
**Run**: `bash 01.hifiasm.sh`
**Tools**: hifiasm `-t 88 -o Gifu.sam --telo-m CCCTAAA --ul` (UL reads first, then the HiFi FASTQ); gfatools `gfa2fa`; samtools `faidx`.
**Notes**: The hifiasm command in `01.hifiasm.sh` is commented out; only `gfatools gfa2fa` and `samtools faidx` are active, so a GFA must already exist.