THE QUESTION
更完整的序列，带来怎样的视角？
围绕百脉根 Gifu 与 MG20 两个材料，将基因组组装与注释作为基础，进一步关注端粒、rDNA、着丝粒等结构，以及材料间的基因组差异。
THE APPROACH
让不同层次的分析相互连接
从长读长组装和 Hi-C 挂载，到重复序列与基因注释，再结合比较基因组、bulk RNA-seq 与单核 RNA-seq，展开结构与表达层面的分析。
ANALYSIS PATH
沿着分析路径探索
01 · 组装与评估hifiasm、去冗余、Hi-C 挂载及组装质量检查。
02 · 基因组注释重复序列、转录证据、基因模型与功能注释。
03 · 特殊区域从重复序列出发，分析着丝粒相关结构。
04 · 基因组比较材料与版本间的比对、结构变异及重排分析。
05 · 表达与共表达组织表达、WGCNA、Mfuzz 与共表达网络。
06 · 单核转录组从质控、聚类到细胞注释与下游分析。
走近具体的方法
分析步骤中保留了输入、参数和相关代码，便于对照理解每个环节。