作用:扫描端粒重复单元并列出富集它们的 1 kb 窗口,另独立运行 BUSCO 评估基因区完整度。
入口:find_tel.sh(调用 get_tel.py);busco.sh 独立运行
输入:contigs.fa(端粒扫描与 busco.sh 共用)。
输出:Gifu.tel_unit.bed、contigs.fa.fai、Gifu.length、Gifu_1k.bed、Gifu_tel.result(每窗口 >50 命中);BUSCO 输出目录 Gifu_lotus。
运行:bash find_tel.sh;bash busco.sh
工具:Python + Biopython SeqIO(基序 CCCTAAA、TTTAGGG 及各位置的单碱基替换);samtools faidx;bedtools makewindows -w 1000、intersect -wa;BUSCO -l embryophyta_odb10 -m genome --cpu 64。
English
**Purpose**: Scan the contig set for telomeric repeat units and list the 1 kb windows dense in them, and run BUSCO separately for gene-space completeness.
**Entry point**: `find_tel.sh` (calls `get_tel.py`); `busco.sh` runs independently
**Inputs**: `contigs.fa` (shared by the telomere scan and `busco.sh`).
**Outputs**: `Gifu.tel_unit.bed`, `contigs.fa.fai`, `Gifu.length`, `Gifu_1k.bed`, `Gifu_tel.result` (>50 hits per window); BUSCO output directory `Gifu_lotus`.
**Run**: `bash find_tel.sh`; `bash busco.sh`
**Tools**: Python with Biopython `SeqIO` (motifs `CCCTAAA` and `TTTAGGG` plus all single-base substitutions); samtools `faidx`; bedtools `makewindows -w 1000`, `intersect -wa`; BUSCO `-l embryophyta_odb10 -m genome --cpu 64`.