已发表组装

中文

作用：用 MUMmer 点阵图比较已发表的 Gifu 与 MG20 组装；gap 内容比较见 gap_analysis/。 入口：mummer.sh 输入：ref.filter.delta；-R {PROJ_LOTUS_ZC}/Gifu/05_3.mummer/Gifu_ref.fa、-Q {PROJ_LOTUS_ZC}/MG20/05_3.mummer/MG20_ref.fa。 输出：前缀 ref.filter 的 mummerplot PNG；被注释的步骤产出 ref.filter.delta 与 ref.filter.delta.coords。 运行：bash mummer.sh（仅 mummerplot 一行启用；缺 ref.filter.delta 时先运行注释中的 nucmer、delta-filter、show-coords）。 工具：MUMmer4 4.0.1 — nucmer --prefix ref、delta-filter -i 89 -l 1000 -1、show-coords -THrd、mummerplot --layout --png --large；CSUB（-q c01、-n 64、span[hosts=1]）。

English

**Purpose**: Dot-plot comparison of the published Gifu and MG20 assemblies; the gap content comparison is in `gap_analysis/`. **Entry point**: `mummer.sh` **Inputs**: `ref.filter.delta`; `-R `{PROJ_LOTUS_ZC}`/Gifu/05_3.mummer/Gifu_ref.fa`, `-Q `{PROJ_LOTUS_ZC}`/MG20/05_3.mummer/MG20_ref.fa`. **Outputs**: the `mummerplot` PNG for prefix `ref.filter`; the commented steps produce `ref.filter.delta` and `ref.filter.delta.coords`. **Run**: `bash mummer.sh` (only the `mummerplot` line is active; when `ref.filter.delta` is absent, run the commented `nucmer`, `delta-filter` and `show-coords` steps first). **Tools**: MUMmer4 4.0.1 — `nucmer --prefix ref`, `delta-filter -i 89 -l 1000 -1`, `show-coords -THrd`, `mummerplot --layout --png --large`; CSUB (`-q c01`, `-n 64`, `span[hosts=1]`).

本阶段步骤

步骤	内容
gap 区域分析	—