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生物信息学基础教程
笔记与复现
- 大豆根瘤的单细胞与空间转录组2024-04-07
- 用 BS-seq 探索 DNA 甲基化2022-05-13
- 从测序数据到差异表达2022-04-19
- RepeatMasker 的安装与使用2022-04-14
- 小 RNA 数据分析与 siRNA 筛选2022-04-12
- 获取公共测序数据2022-04-11
- 查找与获取参考基因组2022-04-07
项目分析步骤
Lotus T2T 基因组
- 示例：端粒识别
- 示例：着丝粒串联重复
- 可运行示例
- hifiasm 组装
- 去冗余单倍型
- 去除细胞器序列
- 端粒检查
- contig 排序
- 补洞
- 打磨校正
- 组装质量评估
- HapHiC 分型挂载
- Hi-C 挂载
- 01 组装
- 重复序列屏蔽（EDTA）
- RNA-seq 比对
- IsoSeq 全长转录本
- 基因预测（BRAKER）
- 基因模型整合（GETA）
- 基因模型过滤
- 基因分类
- 功能注释
- 注释导出
- 基因对应关系
- 02 注释
- 03 端粒
- rDNA 位点与阵列
- rDNA 拷贝数
- 04 rDNA
- 超级簇合并
- 重复单元
- 一致性序列
- StainedGlass 分析
- 05 着丝粒
- gap 区域分析
- 已发表组装
- 品种间比对
- 易位核查
- T2T 与前版本比较
- 注释比较
- 06 比较基因组
- 数据准备
- 组织表达图谱
- 突变体与公共数据
- WGCNA 共表达模块
- Mfuzz 时序聚类
- 共表达网络
- 模块一致性
- 07 转录组
- 单核分析脚本
- 08 单核转录组
- 分析流程总览
- Lotus T2T 基因组