RepeatMasker的安装和使用

识别并屏蔽基因组中的重复序列
需求:
python3环境
TRF 4.09或更高 conda install trf=4.09
h5py pip install h5py
rmblast 下载解压

1、下载RepeatMasker安装包并解压

官网链接

2、RepBase library

baidu网盘 提取码 b4to 下载，解压并复制到 ~/software/RepeatMasker/Libraries/ 目录中

3、安装

cd ~/softwareRepeatMasker
perl ./configure

配置选2，输入rmblast路径，之后一路回车后键入5，完成配置

5、使用

RepeatMasker -pa 4 -species soybean -poly -html -gff -dir rm genome.fa 1>pro.log 2>err.log

示例

大豆基因组

Repeatmask之后的大豆基因组

识别到的重复序列