如何获取基因组文件

本文介绍从Phytozome下载基因组的方法

保存基因组的数据库有很多，除了大型数据库如NCBI、JGI等，许多模式生物也有自己的物种数据库。
早年释放的基因组，如今在各个综合数据库中基本都有资源；近年来不少中国团队或许也会选择将新组装的基因组投放到我国的国家基因组科学数据中心。

NCBI的基因组资源，其染色体、基因、转录本、蛋白质等都有各自的ID系统，使用相当不方便；Phytozome是JGI下属的子项目，存放了大多数植物最新版本的基因组和基因数据，推荐同学们使用。

进入页面后

• 在输入栏输入物种名称，选择基因组版本

• 点击 get standard data files 按钮，进入下载页面

• 点选你需要的文件，点击右上角下载

可以直接下载到本地，也可复制命令行到服务器端运行。